Une étude qui fait date dans la science du microbiome canin

Castillo-Fernandez J, Gilroy R, Jones RB, Honaker RW, Whittle MJ, Watson P, Amos GCA. Catalogue de Waltham pour le microbiome intestinal canin : un catalogue taxonomique et fonctionnel complet du microbiome intestinal canin grâce à une nouvelle découverte du génome basée sur la métagénomique. Microbiome. 2026;14(1):25. DOI: 10.1186/s40168-025-02265-w

Résumé

En janvier 2026, des chercheurs du Waltham Petcare Science Institute ont publié la cartographie la plus complète du microbiome intestinal canin jamais réalisée. Cette étude historique représente un changement de paradigme dans notre compréhension de la santé digestive canine, en identifiant 240 espèces bactériennes centrales qui représentent plus de 80 % du microbiome intestinal canin sain, ainsi que la découverte de 89 espèces entièrement nouvelles et de 10 nouveaux genres bactériens propres aux chiens.

L’importance de l’étude va au-delà de la taxonomie. En cartographiant les capacités fonctionnelles de ces bactéries, notamment leur rôle dans la production d’acides gras à chaîne courte, le métabolisme des glucides et la transformation des acides biliaires, cette recherche établit les bases scientifiques permettant de comprendre comment la nutrition influence directement la santé du corps entier par l’intermédiaire du microbiome intestinal.

Les principaux résultats en un coup d’œil

Métrique	Recherche
Taille de l’échantillon	501 échantillons fécaux de 107 chiens (États-Unis et Europe)
Espèces principales	240 espèces représentant plus de 80 % du microbiome intestinal
Nouvelles découvertes	982 nouvelles souches, 89 nouvelles espèces, 10 nouveaux genres
Amélioration de la cartographie	25 % → 95 % des lectures métagénomiques
Producteurs de butyrate	37,5 % des espèces (45,6 % en termes d’abondance)
Producteurs de propionate	18,8% des espèces
CAZyme Densité	71 enzymes glucidiques par espèce

Précis d’étude : Méthodes et conception

Contexte et justification

Malgré l’intérêt croissant des scientifiques et du grand public pour le microbiome, la recherche sur le microbiome intestinal des animaux de compagnie est restée très limitée. Avant cette étude, seulement 25 % environ des lectures de séquençage métagénomique canin pouvaient être mises en correspondance avec des génomes connus, ce qui laissait une proportion importante du microbiome intestinal canin non caractérisée sur le plan fonctionnel.

L’équipe de recherche a noté qu’en raison du chevauchement de certaines bactéries résidant dans les intestins des humains et des chiens, les études antérieures se sont souvent concentrées sur les similitudes ou les liens avec le microbiome humain plutôt que sur le rôle fonctionnel du microbiome canin et la manière dont il est lié spécifiquement à la santé canine. Selon les chercheurs, cette approche limite intrinsèquement notre compréhension de la santé intestinale spécifique au chien.

Cohorte de l’étude et collecte de l’échantillon

L’étude a analysé 501 échantillons fécaux de 107 chiens en bonne santé provenant de plusieurs pays des États-Unis et d’Europe. Les chiens provenaient de divers milieux de vie, notamment des chenils à environnement enrichi du Waltham Petcare Science Institute et du Pet Health and Nutrition Center, ainsi que du domicile de clients de Mars Veterinary Health et d’employés de Mars Petcare. Cette diversité était intentionnelle, afin de garantir que le catalogue résultant soit largement représentatif de la population canine en bonne santé.

Séquençage et approche bioinformatique

Les chercheurs ont utilisé le séquençage métagénomique à lecture longue et à lecture courte, ce qui représente l’approche la plus sophistiquée actuellement disponible pour la caractérisation du microbiome. Cette méthodologie à double technologie a permis de reconstruire 5 753 génomes assemblés par métagénomes (MAG), qui ont ensuite été dérépliqués en 1 031 souches bactériennes distinctes.

L’utilisation de génomes assemblés par métagénome est particulièrement importante car elle permet aux chercheurs de reconstruire des génomes bactériens presque complets directement à partir d’échantillons environnementaux, sans qu’il soit nécessaire de les cultiver en laboratoire. Cette approche permet de capturer toute la diversité de l’écosystème intestinal, y compris les espèces qui ne peuvent pas être cultivées en laboratoire.

Découvertes taxonomiques : Une nouvelle carte de l’intestin canin

Échelle de la découverte de nouveaux produits

L’ampleur des découvertes taxonomiques réalisées dans le cadre de cette étude est sans précédent dans la recherche sur les animaux de compagnie. Sur les 1 031 souches identifiées, 982 se sont révélées être de nouvelles souches spécifiques aux chiens, qui n’avaient pas été décrites auparavant dans la littérature scientifique. Plus important encore, l’étude a permis d’identifier 89 espèces bactériennes entièrement nouvelles et 10 genres bactériens nouveaux.

Ces nouveaux genres appartiennent à des familles bactériennes comprenant les Erysipelotrichaceae, les Erysipelatoclostridiaceae, les Atopobiaceae, les Anaeroplasmataceae, les Lachnospiraceae et les Anaerovoracaceae. Nombre de ces familles sont connues pour leur implication dans la fermentation des fibres et la production d’acides gras à chaîne courte, ce qui suggère que ces organismes nouvellement découverts jouent un rôle important dans la transformation des nutriments.

Le microbiome canin de base

L’étude a défini un microbiome central de 240 espèces bactériennes qui représentent collectivement plus de 80 % du contenu bactérien des fèces canines saines. Ce noyau a été validé par rapport à un ensemble de données indépendant de 47 chiens, confirmant la robustesse et la généralisation de ces résultats.

L’espèce la plus abondante identifiée est Prevotella copri, qui représente 8,1 % du microbiome canin moyen. Il est intéressant de noter que cette espèce est également la bactérie la plus abondante dans le microbiome intestinal humain, bien que ses souches spécifiques et ses rôles fonctionnels diffèrent d’un hôte à l’autre. Parmi les autres espèces centrales très abondantes figurent Candidatus Skylacomonas (7,3 %) et Candidatus Ileibacterium (5,7 %), deux espèces désormais reconnues comme contribuant de manière importante à la santé de l’intestin canin.

Distinction du microbiome canin

Le microbiome canin est fondamentalement différent du microbiome humain, ce qui constitue une découverte essentielle ayant de profondes implications pour la science de la nutrition. Les chercheurs ont noté que de nombreux paradigmes relatifs au microbiome humain ne peuvent pas être directement appliqués aux chiens.

Plus particulièrement, Akkermansia muciniphila, une espèce bactérienne qui a fait l’objet d’une grande attention dans la recherche sur la santé intestinale humaine en raison de son rôle dans la santé métabolique et la fonction de barrière intestinale, était totalement absente de tous les échantillons canins. Cette découverte démontre définitivement que les chiens ont développé leur propre écosystème intestinal, avec des populations bactériennes distinctes adaptées à la physiologie, à l’alimentation et au système immunitaire des chiens.

AMÉLIORATION DE LA CARTOGRAPHIE 25 % → 95 % Les lectures métagénomiques peuvent désormais être mises en correspondance avec des génomes canins spécifiques connus.

Analyse fonctionnelle : Ce que fait réellement le microbiome

Au-delà du simple catalogage des bactéries présentes, l’étude a fourni des informations sans précédent sur le rôle de ces bactéries. Cette annotation fonctionnelle nous fait passer d’un simple inventaire à un cadre mécaniste permettant de comprendre la santé intestinale.

Production d’acides gras à chaîne courte

Les acides gras à chaîne courte (AGCC), en particulier le butyrate, le propionate et l’acétate, sont des produits de fermentation bactérienne qui servent de molécules de signalisation dans tout l’organisme, influençant tout, de l’intégrité de la barrière intestinale à la fonction cérébrale, de la régulation immunitaire à la santé métabolique.

L’étude a révélé que 37,5 % des espèces possèdent des gènes de production de butyrate. Pondéré par l’abondance, ce chiffre s’élève à 45,6 % du microbiome, ce qui signifie que près de la moitié de la masse bactérienne d’un intestin canin sain est activement capable de produire ce métabolite essentiel. En outre, 18,8 % des espèces peuvent produire du propionate.

Le butyrate est la principale source d’énergie des colonocytes (cellules qui tapissent le côlon), maintient l’intégrité de la barrière intestinale, réduit l’inflammation et influence des organes éloignés, notamment le cerveau (via l’axe intestin-cerveau), le foie (via l’axe intestin-foie) et le système immunitaire (via l’axe intestin-immunité). Le fait qu’une proportion aussi importante du microbiome canin soit dédiée à la production de butyrate souligne l’importance du métabolisme des acides gras saturés pour la santé canine.

Métabolisme des glucides : Compenser les limitations canines

L’une des conclusions les plus importantes de l’étude concerne le métabolisme des glucides. Les chiens ont une capacité génétique limitée à digérer les glucides complexes par rapport aux omnivores et aux herbivores. L’étude révèle que le microbiome intestinal compense largement cette limitation.

Les espèces du microbiome intestinal canin possèdent en moyenne 71 enzymes glucidiques (CAZymes) par espèce. Cette densité enzymatique permet de décomposer divers types de fibres que les chiens ne peuvent pas digérer seuls.

Capacité de dégradation des hydrates de carbone

Type de substrat	% d’espèces capables
Chitine	75%
Hémicellulose	37%
Cellulose	36%
Amidon	22%

Cette découverte a de profondes implications pour la nutrition : la diversité desfibres alimentaires favorise directement la diversité et la fonction microbiennes. Différentes espèces bactériennes se spécialisent dans la décomposition de différents types de fibres, ce qui signifie qu’un profil de fibres varié dans l’alimentation favorise un écosystème microbien plus complet.

Métabolisme des acides biliaires : Le lien entre l’intestin et le foie

L’identification de deux nouvelles espèces de Peptacetobacter capables de convertir les acides biliaires primaires en acides biliaires secondaires constitue une découverte particulièrement importante. Les chercheurs ont qualifié cette découverte d' »importante dans le contexte des maladies gastro-intestinales chroniques chez les animaux de compagnie ».

Ces bactéries possèdent des enzymes bile salt hydrolase (BSH) et l’opéron bai, la machinerie génétique nécessaire à la 7α-déhydroxylation, l’étape critique de la synthèse des acides biliaires secondaires. Les acides biliaires secondaires, dont l’acide désoxycholique et l’acide lithocholique, ont de multiples fonctions : ils protègent contre les bactéries pathogènes, régulent le métabolisme hépatique, influencent l’homéostasie du glucose et servent de molécules de signalisation affectant des organes éloignés.

Cette découverte éclaire l’axe intestin-foie à un niveau mécanique, en démontrant que des bactéries intestinales spécifiques régulent directement la fonction hépatique par le biais du métabolisme des acides biliaires.

Biosynthèse des acides aminés

L’étude a révélé que 42 % des espèces contenaient des voies complètes de biosynthèse de la lysine, contribuant ainsi à la disponibilité des acides aminés pour l’hôte. Cette découverte suggère que le microbiome joue un rôle dans la nutrition protéique au-delà de la simple digestion, en synthétisant activement des acides aminés que l’hôte peut utiliser.

Profil de sécurité des nouvelles espèces

Les 89 nouvelles espèces identifiées dans l’étude ont été confirmées comme étant des organismes commensaux, ne présentant aucun facteur de virulence connu. Les chercheurs notent que l’absence de pathobiontes et d’agents pathogènes était attendue compte tenu de la cohorte saine, mais cette découverte confirme néanmoins que les espèces nouvellement découvertes sont des habitants normaux de l’intestin canin sain plutôt que des envahisseurs opportunistes.

Implications pour la nutrition canine

Les auteurs de l’étude notent explicitement que les « interventions diététiques » donnent des « résultats prometteurs dans la modulation de certains aspects de la fonction gastro-intestinale canine ». La caractérisation fonctionnelle approfondie fournie par cette recherche établit la nutrition comme un levier principal pour soutenir la santé de l’intestin et, grâce aux connexions de l’intestin avec d’autres systèmes d’organes, la santé du corps entier.

Fibres alimentaires : Le carburant du microbiome

Avec 71 enzymes glucidiques par espèce et la capacité de décomposer la cellulose, l’hémicellulose, l’amidon et la chitine, le microbiome intestinal canin est conçu pour traiter diverses fibres végétales. L’étude valide une approche de la nutrition canine qui donne la priorité à la diversité des fibres prébiotiques pour alimenter les populations bactériennes bénéfiques.

Les différents types de fibres favorisent des populations bactériennes différentes, ce qui signifie que la diversité alimentaire se traduit directement par la diversité microbienne. Une alimentation riche en ingrédients végétaux variés fournit les substrats nécessaires à un écosystème intestinal complet et fonctionnel.

Production de SCFA et santé du corps entier

Le fait que près de la moitié du microbiome produise du butyrate en abondance fait de la production d’AGCS un indicateur central de la santé intestinale. Les interventions alimentaires qui favorisent les bactéries productrices de SCFA, principalement par l’apport de fibres fermentables, ont des effets en cascade sur l’ensemble de l’organisme.

Le butyrate influence l’axe intestin-cerveau (affectant l’humeur, la cognition et la réponse au stress), l’axe intestin-immunité (régulant les réponses inflammatoires), l’axe intestin-foie (modulant le métabolisme hépatique) et l’axe intestin-peau (influençant la santé dermique). Le propionate régule la gluconéogenèse et l’appétit, tandis que l’acétate sert de substrat pour la lipogenèse et la production d’énergie.

Arguments en faveur d’une formulation spécifique aux chiens

L’implication nutritionnelle la plus importante de cette recherche est peut-être la démonstration définitive que les paradigmes du microbiome humain ne peuvent pas être directement appliqués aux chiens. L’absence totale d’Akkermansia muciniphila, malgré son importance dans la recherche sur la santé intestinale humaine, illustre ce point.

Cette constatation plaide fortement en faveur d’une formulation nutritionnelle spécifique aux chiens, basée sur la recherche spécifique aux chiens, plutôt que sur l’extrapolation à partir d’études humaines. Le catalogue de Waltham fournit aujourd’hui les fondements scientifiques de cette approche.

Validation du système Bonza « One Gut. Un chien entier ». Positionnement

Les résultats du catalogue de Waltham constituent une validation scientifique convaincante du positionnement de base de Bonza : « Un seul intestin. Un chien entier ». Cette section examine comment les découvertes de l’étude étayent chaque élément de ce cadre.

L’intestin comme centre de commandement : Validation scientifique

L’étude démontre que le microbiome intestinal n’est pas simplement un organe digestif, mais un centre métabolique et de signalisation dont l’influence s’étend à l’ensemble du corps. L’annotation fonctionnelle révèle que les bactéries produisent :

Acides gras à chaîne courte qui servent de molécules de signalisation affectant la fonction cérébrale (axe intestin-cerveau), la régulation immunitaire (axe intestin-immunité), le métabolisme hépatique (axe intestin-foie) et l’état inflammatoire dans l’ensemble de l’organisme.

Les acides biliaires secondaires, par l’intermédiaire de l’espèce Peptacetobacter récemment découverte, régulent directement la fonction hépatique et le métabolisme du glucose.

Les acides aminés par des voies de biosynthèse complètes, contribuant à la nutrition protéique et à la fonction cellulaire.

C’est précisément ce qu’affirme « One Gut. Whole Dog » affirme que la santé intestinale est le fondement de la santé de l’ensemble du corps.

Axes intestin-organe : Désormais cartographiés au niveau de l’espèce

Le contenu éducatif de Bonza met depuis longtemps l’accent sur les axes intestin-cerveau, intestin-immunité, intestin-foie, intestin-peau et intestin-articulation. Le catalogue de Waltham fournit maintenant des preuves de ces liens au niveau de l’espèce :

Axe	Catalogue Waltham Preuves
Intestin-Cerveau	45,6 % d’abondance dédiée à la production de butyrate ; le butyrate traverse la barrière hémato-encéphalique et module la neuroinflammation.
Intestin-Foie	Nouvelles espèces de Peptacetobacter avec enzymes BSH et opéron bai pour le métabolisme des acides biliaires
Intestin-Immune	La production d’acides gras saturés favorise le développement des cellules T régulatrices et la modulation de l’inflammation
Peau des intestins	Les effets anti-inflammatoires des AGCS s’étendent aux tissus dermiques via la circulation systémique.
Gut-Joint	Les propriétés anti-inflammatoires du butyrate influencent l’état inflammatoire systémique qui affecte la santé des articulations.

La nutrition comme principal levier : Confirmé

La déclaration explicite de l’étude selon laquelle les « interventions diététiques » montrent « des résultats prometteurs dans la modulation des aspects de la fonction gastro-intestinale canine » valide directement le postulat de Bonza selon lequel la nutrition est le principal outil de soutien de la santé intestinale.

La grande capacité de transformation des glucides du microbiome (71 CAZymes par espèce, avec des capacités couvrant la cellulose, l’hémicellulose, l’amidon et la chitine) démontre que les fibres d’origine végétale sont précisément ce que le microbiome de l’intestin canin est équipé pour traiter. Cette découverte conforte la philosophie de Bonza en matière de formulation, qui consiste à fournir diverses fibres prébiotiques à partir d’ingrédients d’origine végétale.

Science canine : Les fondements

Bonza a toujours insisté sur l’importance de mener des recherches spécifiques aux chiens plutôt que de s’appuyer uniquement sur des extrapolations à partir d’études humaines. Le catalogue de Waltham valide puissamment cette approche en démontrant :

1. Le microbiome canin est fondamentalement différent du microbiome humain, avec plus de 900 souches spécifiques au chien identifiées.

2. Des espèces clés importantes pour la recherche sur la santé intestinale humaine (notamment Akkermansia muciniphila) sont totalement absentes chez les chiens.

3. Les chiens ont développé un écosystème intestinal qui leur est propre et qui nécessite des approches nutritionnelles et sanitaires spécifiques.

C’est précisément le fondement scientifique sur lequel reposent les formulations de Bonza.

La conclusion la plus importante du catalogue de Waltham pour les propriétaires de chiens est que l’alimentation est le levier le plus puissant pour déterminer les populations bactériennes qui se développent dans l’intestin canin. Les régimes à base de plantes, correctement formulés, offrent une diversité de fibres qui stimule la capacité de fermentation des fibres et la production d’acides gras à chaîne courte, comme le montre ce catalogue. Pour obtenir l’ensemble des données évaluées par les pairs sur la manière dont l’alimentation canine à base de plantes traduit les conclusions de Waltham en résultats mesurables pour la santé, consultez l’analyse des données de Bonza sur la recherche en matière d’alimentation canine à base de plantes.

Conclusion : Une nouvelle ère dans la science de l’intestin canin

Le catalogue de Waltham représente un tournant dans la science du microbiome canin. En fournissant la cartographie la plus complète du microbiome intestinal canin à ce jour, en identifiant 240 espèces principales et 89 nouvelles espèces, et en caractérisant leurs capacités fonctionnelles avec un niveau de détail sans précédent, cette recherche établit les fondements scientifiques d’approches basées sur des preuves pour la santé intestinale canine.

Pour Bonza, cette étude constitue une validation indépendante, évaluée par des pairs, de son positionnement de base. La science le confirme :

L’intestin est en effet un centre de commandement pour la santé de l’ensemble du corps, les métabolites bactériens influençant des organes éloignés par le biais de multiples axes intestin-organe.

La nutrition est le principal levier de modulation de la fonction intestinale, la diversité des fibres alimentaires favorisant directement la diversité et la fonction microbiennes.

La science spécifique aux chiens est importante, car le microbiome canin est fondamentalement différent des paradigmes humains.

Un seul intestin. Un chien entier. n’est pas un slogan marketing, c’est une réalité scientifique, maintenant cartographiée au niveau de l’espèce par le plus grand institut de recherche sur la nutrition des animaux de compagnie au monde.

« Les taxons et les fonctions présentés ici fournissent l’image de la plus haute résolution du microbiome des chiens de compagnie en bonne santé à ce jour. » – Castillo-Fernandez et al, Microbiome 2026